Die unscheinbaren, jedoch nektarreichen Blüten des Pfaffenhütchens werden gerne von Bienen und Schmetterlingen, Schwebfliegen und Käfern als Nahrungsquelle genutzt. Die hübschen, für Menschen giftigen Früchte bieten den Vögeln Nahrung im Herbst und sind die Lieblingsspeise des Rotkehlchens.
Das Holz hatte früher eine gewisse Bedeutung in der Drechselei. Aus den Kapseln wurde ein gelber Farbstoff und Seife hergestellt.
Das Pfaffenhütchen ist kalkliebend und windfest. Es übersteht sowohl Überflutungen sowie Trockenzeiten.